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滬尾水上支署隸屬於滬尾辨務署，負責淡水港相關之港務，如滬尾水道、暴風警報標柱、及收發淡水港口之氣象觀測、警報氣象電報及氣象預報的單位，此外還有海上相關之警務，並設鴉片監察員，監視鴉片入口的情況。明治30年（1897）9月臺灣總督兒玉原太郎以訓令第二百九十五號將滬尾水上支署改制為「滬尾辨務署第二課」。
